2012 წლის 18 დეკემბერს, სსიპ - განათლების ხარისხის განვითარების ეროვნულ ცენტრში შემოვიდა საინიციატივო ჯგუფის წერილი, რომელშიც მითითებული იყო ინფორმაცია საქართველოს აგრარულ უნივერსიტეტში ავტორიზაციისა და აკრედიტაციის სტანდარტების დარღვევის შესახებ. შესაბამისად, ცენტრის მონიტორინგის სამსახურმა 2013 წლის 3 იანვრიდან 11 იანვრის ჩათვლით განახორციელა ვიზიტი საქართველოს აგრარულ უნივერსიტეტში, დაწესებულების მიერ ავტორიზაციისა და საგანმანათლებლო პროგრამების აკრედიტაციის პირობების შესრულების კანონმდებლობით განსაზღვრულ სტანდარტებთან შესაბამისობის დადგენის მიზნით.
მონიტორინგის ვიზიტის შედეგად გამოვლინდა ავტორიზაციის სტანდარტების დარღვევის ფაქტები და მომზადდა დასკვნა. საგანმანათლებლო დაწესებულებების ავტორიზაციის საბჭომ 2013 წლის 26 თებერვალი - 1 მარტის სხდომაზე განიხილა მონიტორინგის შედეგები. განხილვის პროცესში საბჭომ მაქსიმალურად უზრუნველყო დაინტერესებული მხარეების ჩართულობა და დაწესებულების წარმომადგენელთა მოთხოვნის შესაბამისად, განუსაზღვრა ვადა ხარვეზების აღმოფხვრისა და შესაბამისი დამადასტურებელი დოკუმენტაციის ცენტრში წარმოდგენის მიზნით.
ცენტრის მონიტორინგის სამსახურს დაევალა აგრარული უნივერსიტეტის მიერ ხარვეზების გამოსწორების მიზნით წარმოდგენილი დოკუმენტაციის შესწავლა და მათი შესწავლის შედეგების თაობაზე საბჭოს ინფორმირება. 2013 წლის 11 მარტის სხდომაზე ავტორიზაციის საბჭომ ხარვეზების გამოსწორების ანგარიში განიხილა.
საკითხის სრულყოფილი გამოკვლევის, დაინტერესებული მხარის მიერ დაფიქსირებული პოზიციის შესწავლის, შეფასებისა და ურთიერთშეჯერების საფუძველზე, საბჭომ დაადგინა, რომ საქართველოს აგრარულ უნივერსიტეტში დარღვეული იყო ავტორიზაციის სტანდარტები და მიიღო ავტორიზაციის გაუქმების შესახებ გადაწყვეტილება.
სტუდენტთა ინტერესებიდან გამომდინარე, ავტორიზაციის საბჭომ მიიღო გადაწყვეტილება - საქართველოს აგრარული უნივერსიტეტის ავტორიზაციის გაუქმების შესახებ გადაწყვეტილების არა დაუყოვნებლივ, არამედ მხოლოდ საგაზაფხულო სემესტრის დასრულების შემდეგ ამოქმედების შესახებ. ამგვარი გადაწყვეტილება აგრარულ უნივერსიტეტს საშუალებას აძლევს კანონმდებლობით გათვალისწინებული სტანდარტების დაკმაყოფილების შემთხვევაში გაიაროს ავტორიზაცია და უზრუნველყოს სტუდენტთა მიერ განათლების უწყვეტად მიღების შესაძლებლობა.